Tilslutningen til børnevaccinationsprogrammet har tidligere ligget højt og stabilt på Færøerne. For fødselsårgangene 2015 til 2019 har vaccinationsdækningen for de fleste vacciner ligget højt, men efterfølgende har der været et fald. Specielt vaccinationsdækningen i 5-års alderen, hvor børnene tilbydes en vaccineopfrisker mod difteri, stivkrampe, kighoste og polio har været faldende. For 2015 årgangen fik 96,5% denne vaccine mens tallet er faldet til 65% for 2018 årgangen.
MFR 1 (15 måneder) vaccinationen som forebygger mæslinger, fåresyge og røde hunde har for fødselsårgangene 2015 til 2019 ligget på over 95%, men er faldet til 89,4% og 86,6% i henholdsvis 2020 og 2021. Andelen, der har fået MFR 2 (4 år) har ligget over 95% for fødselsårgangene 2013 til 2016, men har efterfølgende været faldende til 84,1% for 2019 årgangen.
HPV-vaccinen forebygger livmoderhalskræft, anal kræft, kræft i kønsorganerne, kræft i mundhulen og kønsvorter. Hvor 95,3% af 1998 årgangen blev fuldt vaccineret (2 stik) er dette kun tilfældet for 48,8% af 2010 årgangen. For drenge toppede vaccinationsdækningen for årgang 2008 med 50,5% og er herefter faldet til 27,7% for årgang 2010. WHO anbefaler en vaccinationsdækning på mindst 90%, inden børnene fylder 15 år.